Экологи́ческая зона́льность водоёмов, существование в водоёмах различных зон жизни, населённых разными организмами и их сообществами. Экологическая зональность водоёмов обусловлена сменой условий существования организмов от поверхности в глубину водоёма и от прибрежья к его открытым частям, в её основе лежат изменения различных факторов внешней среды (температура, освещённость, гидростатическое давление, газовый режим, рельеф дна, удалённость от берегов, трофические условия и др.), обусловливающие возможность выделения таких зон. Для водоёмов приняты названия для дна – бенталь, для толщи воды – пелагиаль. В РФ обычно используют схему, показанную ниже. В бентали выделяют: супралитораль – зону заплеска и штормовых выбросов; литораль – приливно-отливную зону; сублитораль – зону шельфа, или материковой отмели (до 200–500 м); батиаль – зону континентального склона (от 200–500 до 3000 м); абиссаль – зону океанического ложа (3–6 км); ультраабиссаль – зону наибольших океанических глубин (6–11 км).Вертикальная экологическая зональность океана.Вертикальная экологическая зональность океана.Кроме этих зон предложено выделять талассобатиаль – склоны океанических островов, подводных гор и хребтов, изолированных от батиальных глубин, окружающих материки; соответственно этому фауна батиали и талассобатиали может различаться. В пелагиали выделяют зоны: эпипелагиаль (0–200 м), мезопелагиаль (200–1000 м) и глубоководную (более 1000 м), в которой различают подзоны – батипелагиаль (верхняя), абиссопелагиаль (средняя) и ультраабиссаль (нижняя). В верхнем горизонте эпипелагиали развивается обильный фитопланктон, создающий первичную продукцию. Фауна всех более глубинных зон пелагиали и бентали существует за счёт органических веществ, поступающих из эпипелагиали непосредственно или через трофические цепи. Исключение составляют обильные поселения животных («оазисы жизни») на глубине 2,5–3 км, вблизи выходов подземных термальных вод (гидротерм). Источник питания для обитающих здесь животных – первичная продукция, создаваемая хемоавтотрофными бактериями, обильно развивающимися в этих водах. Такие поселения выделяются в особую зону – абиссогидротермаль. Для донной фауны различают прибрежные, богатые жизнью эвтрофные области и бедные жизнью олиготрофные области, расположенные в удалённых от берегов центральных районах океанов, а также переходные между ними.

В пресноводных водоёмах особенно чётко зональность проявляется в озёрах умеренных широт. В водной массе (пелагиали) могут быть выделены 3 слоя: эпи-, мета- и гиполимнион.

Вертикальная экологическая зональность озера. Вертикальная экологическая зональность озера. В поверхностном слое – эпилимнионе (до глубины 5–8 м), хорошо прогреваемом летом (20 °C) и освещённом, в массе развиваются автотрофы-продуценты: водоросли, в первую очередь диатомовые и зелёные, и цианобактерии. Обилие водорослей и благоприятные условия для дыхания обусловливают высокую концентрацию бактерий, простейших, коловраток и низших ракообразных (в основном ветвистоусых и веслоногих) – гетеротрофов. Потоки энергии через сообщества эпилимниона направлены по пастбищным трофическим цепям. Осенью поверхностные воды охлаждаются, становятся холоднее вод гиполимниона (зимний застой); весной происходит обратный процесс. Металимнион характеризуется резким перепадом температур, т. к. представляет собой переходную область между различно нагретыми водами эпи- и гиполимниона. В гиполимнионе (обычно глубже 14–20 м) воды бедны кислородом, температура летом не превышает 5–10 °C. Автотрофные организмы отсутствуют. Население бедно и однообразно из-за недостатка первичной пищи и кислорода. Поток энергии направлен по детритным трофическим цепям. Дно озёр (бенталь) подразделяется на более глубоководную зону – профундаль и прибрежную зону – литораль, обычно простирающуюся вглубь до границы произрастания макрофитов (до глубины 5–7 м). Население литорали, где газовый и температурный режим благоприятнее, чем в профундали, разнообразнее и количественно богаче по сравнению с глубоководным. В водотоках (реках) в силу высокой перемешиваемости воды вертикальная экологическая зональность водоёмов не выражена. По поперечному профилю реки различают прибрежную зону – рипаль и открытую – медиаль. В открытой зоне скорости течения выше, население количественно беднее, чем в прибрежной. Для рипали характерны заросли водных макрофитов. По продольному профилю реки выделяются зоны плёсов и перекатов. Их население обычно разнообразнее по видовому составу, но беднее количественно.