Химотрипси́н, протеолитический фермент большинства позвоночных, участвующий наряду с трипсином и другими пептидазами в расщеплении белков в тонком кишечнике.

Молекулярная масса 25 000. Гидролизует преимущественно связи, образованные остатками гидрофобных и ароматических аминокислот. Максимальная каталитическая активность при pH 7,8–9,0.

Синтезируется клетками поджелудочной железы в форме неактивного предшественника – профермента химотрипсиногена; в активный химотрипсин превращается в двенадцатиперстной кишке при участии трипсина, который гидролизует в проферменте 4 связи. При этом удаляются 2 дипептида, а образовавшиеся 3 фрагмента химотрипсина остаются связанными двумя дисульфидными связями.

В 1930-х гг. химотрипсин получен в кристаллической форме (Дж. Х. Нортроп и др.). Ферменты типа химотрипсина обнаружены у низших позвоночных и насекомых.